Une église primitive existait à proximité du château, à l'est. Une seconde a été édifiée ensuite au nord-est.
Au XIXe siècle, la paroisse de Faucigny est réunie à celle de Peillonnex. L'église ayant disparu, une nouvelle est construite au chef-lieu en 1854.
À l'origine, l'église paroissiale était dédiée à Saint Ymier, un moine originaire du Jura, cependant au cours du XVIIe siècle on lui associe le fameux saint apôtre local du laïcat, François de Sales (1567-1622), canonisé en 1665 et attesté ici à partir de 1679.
La nouvelle église édifiée au cours du XIXe siècle possède une coupole.
En 1867, la décoration intérieure fut confiée au peintre J.B Ferraris. Elle a été restaurée en 2003.
L'édifice est inscrit au titre des monuments historiques en 2001.
