Une église primitive existait à proximité du château, à l'est. Une seconde a été édifiée ensuite au nord-est.
Au xixe siècle, la paroisse de Faucigny est réunie à celle de Peillonnex. L'église ayant disparu, une nouvelle est construite au chef-lieu en 1854.
À l'origine, l'église paroissiale était dédiée à saint Ymier, un moine originaire du Jura, cependant au cours du xviie siècle on lui associe le fameux saint apôtre local du laïcat, François de Sales (1567-1622), canonisé en 1665 et attesté ici à partir de 1679.
La nouvelle église édifiée au cours du xixe siècle possède une coupole.
En 1867, la décoration intérieure fut confiée au peintre J.B Ferraris. Elles sont restaurées en 2003.

L'édifice est inscrit au titre des monuments historiques en 2001.

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